Pada tahun 1955, Dinas Kesehatan Kabupaten Bogor berdiri dengan nama Komando Pemberantasan Malaria (KOPEM) yang kemudian berubah nama menjadi Kantor Dokter Kabupaten (DOKABU). Di tahun 1966 nama Dinas Kesehatan Kabupaten Bogor digunakan sampai sekarang. Di lokasi yang sama pada tahun 1986 didirikan Kantor Departemen Kesehatan Kabupaten Bogor. Fungsi dari Kantor Departemen Kesehatan lebih dititik beratkan terhadap pembinaan tenaga Pegawai Negeri Sipil (PNS) yang dipekerjakan pada Dinas Kesehatan Kabupaten Bogor. Sebelumnya fungsi tersebut dilakukan oleh Kantor Departemen Kesehatan Wilayah Provinsi Jawa Barat di Bandung. Fungsi-fungsi lain pada Kantor Departemen Kesehatan Kabupaten/ Kota hampir sama dengan Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota kecuali Kewenangan Pengawasan Obat dan Makanan serta Perizinan Klinik, Rumah Bersalin dan Apotek bagi tenaga Medis, Paramedis dan Apoteker. Penerapan Undang-undang No. 22 tahun 1999 tentang Otonomi Daerah dan Undang-undang No. 25 tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan antar Pemerintah Pusat dan Daerah mengakibatkan Kantor Departemen Kabupaten/Kota dan Propinsi ditiadakan. Tugas dan Fungsi Kantor Departemen dialihkan seluruhnya ke Dinas Kesehatan Kabupaten/ Kota berikut anggaran belanja pegawainya yang dibebankan kepada Pemerintah Daerah.